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• École impériale spéciale des langues orientales vivantes. Livre de prêt. 1863-1864 (sic)
  Seule la première page du registre semble correspondre à la période où l'École se trouvait dans l'enceinte de la Bibliothèque impériale, le reste du document a probablement été renseigné au Collège de France. - Le registre comprend 6 colonnes : n°, professeur, titre de l’ouvrage emprunté, date du prêt, signature de l’emprunteur, rentrée. - Il dénombre 397 entrées numérotées de 1 à 397, de différentes mains. - Un règlement intérieur signé Ch. Schefer est contrecollé sur le plat 2. - Deux feuilles volantes signalent l’une un retour, l’autre un emprunt.
• Ancien Fonds. Catalogue méthodique. Section IX. (J) Langue et littérature japonaises, histoire et voyages.
  Une partie des feuillets insérés semblent être des fragments de courriers relatifs à l'entrée d'ouvrages japonais, adressés à Léon de Rosny.f°1-2 : 56 entrées  f° 2v : facture détaillée de 28 ouvrages japonais datée du 30 juin 1870 f° 3-4 : listes de livres remis par M. Dubousquet, de la Légation de France au Japon, à M. Schéfer le 31 juillet 1872. f° 7-18 : brouillons préparatoires, comportant notamment des notes sur l'organisation de la surveillance des examens en 1872 f°19- 20 : liste annotée des entrées 1 à 59 f°21-22 : Liste des livres japonais suivant l'ordre des "entrées" de 1863 à 1868.
• Ancien Fonds. Catalogue méthodique. Section XII, XIII (As.) (Ta.). Section XII Dialectes de l'Inde et de l'Asie (D-as.). Section XIII Langue tamoule
  f°2-3: Ouvrages précieux obtenus du Gouverneur général des Indes par M. Schéfer. En langues bengali, canara, guzerati, mahrate, malayalam, nagari &, n° 1 à 33 f°4-5 : ouvrages tamouls, n°1-21
• Lettre d’Armin Vambery (1832-1916)
  Elle est envoyée de Budapest sans doute à Schefer.
• Recueil factice constitué de quatre pièces
  Ce manuscrit contient quatre composants: I. Une pièce calligraphiée en نستعلیق Nasta’liq signée احمد المتخلص به کشته Ahmad al-Husaynī al-mutahallis bi- Kušta et destinée à نواب احتشام الله وردی میرزا Navvāb Ihtišām Allāh-virdī Mīrzā, sans date. II. Une pièce calligraphié en نستعلیق Nasta’liq en blanc sur fond noir et signée محمد جعفر قزوینی Muhammad Ğa’far Qazwīnī [خانه زاد شاهنشاه محمد جعفر قزوینی hāna-zād-i šāhinšāh Muhammad Ğa’far Qazwīnī]. III. Deux بیت bayt persans calligraphiés en نستعلیق Nasta’liq par فرج الله ذوقی Farğ-ullāh Ẓawqī. IV. Deux autres بیت bayt persans calligraphiés à Istanbul le 13 ذوالقعده Zū l-Qa’da 1266H.(20 septembre 1850) par le même فرج الله ذوقی تبریزی Farğ-ullāh Ẓawqī Tabrīzī pour « monsieur Schefer ».
• منظومه غنائی
  Poème mystique غنائی Ġanā’ī. Copie de la partie de ce poème, où il est question de la Chine (سرگذشت دیار ختا sar-guzašta-i diyār-i Hatā). Il s’agit de la copie partielle de l’actuel ms . Supplément persan 1370 de la BnF, alors dans la bibliothèque de Schefer. Copie, peut-être de la main de Charles Schefer lui-même (même main que ms. pers. 91), sur les rectos des feuillets seulement. Note en persan au f. 32. Incipit f. 2v Explicit f. 17v
• تاریخ ختای و ختن
  Texte de Mağd al-Dīn Muhammad ibn Ẕiyā al-Dīn ‘Adnān al-Surẖatī, revu par سید علی اکبر خطایی Sayyid ‘Alī Akbar H̱itā’ī. Histoire de la Chine, en 20 chapitres (bāb), dédiée au سلطان سلیمان sultan Sulaymān. Il s’agit de la copie de l’actuel ms . Supplément persan 1354 de la BnF, alors dans la bibliothèque de Schefer. Cette nouvelle copie paraît avoir été faite en vue de l’édition du texte par Schefer (Trois chapitres du Khitai nameh de ‘Ali Akbar Khita’i, in « Mélanges orientaux », Paris, 1883, p. 30 sq.). On lit d’ailleurs ici sur le f. 1 « […] l’impression[…] le 3 Jui[…] Ch. Schefer ». Copie, peut-être de la main de Charles Schefer lui-même (même main que ms. pers. 92), réalisée sur les rectos des feuillets seulement. Au f. 226v est reproduit le colophon du ms. copié. Est jointe à ce ms. une lettre adressée du Caire à Charles Schefer par Amédée Querry [cf. Bibl. de l’Institut], datée du 1er juillet 1897. Incipit f. 2v Explicit f. 226v